Referencias bibliográficas

Para hacer un uso racional del citado y la generación automática de las referencias recurrimos a:

  1. Indicar el fichero que contiene las referencias bibliográficas que vamos a utilizar (o que las contenga).

  2. Decidir el formato de citado/referencias mediante un fichero de estilo (csl)

  3. Notificar estas opciones en los metadatos, fíjate en los de este documento.

  4. Cita los trabajos con la etiqueta asociada a cada documento relacionado en la base de referencias.

Un ejemplo: Para realizar este documento nos basamos en la potencia de R y en particular de la librería knitr(Xie 2013). Nos aprovecharemos en nuestros documentos del potencial gráfico de R tal como indica Murrell (2011).

Como puedes ver en el último apartado del documento generado, las referencias han sido incluidas por orden alfabético y siguiendo las reglas indicadas.

Seguiremos profundizando sobre referencias en ejercicios y ejemplos posteriores.

Ejercicios

  1. Modifica la etiqueta de la cita de Xie13 y escribe xie13. Analiza el resultado obtenido.

  2. Mira qué ficheros de estilo tienes disponibles y genera el documento con alguna alternativa, cambiando el nombre del fichero de estilo en los metadatos convenientemente. ¿Qué resultados se consiguen?

  3. Abre el fichero de referencias.bib y busca los trabajos disponibles. Haz una frase citando un par de referencias.

Gráficos, imágenes

El potencial de markdown para los gráficos es muy limitado, sin embargo, puede utilizarse R, desde un chunk o \(\LaTeX\) para dejar los gráficos como deseamos, aunque esto lo veremos en otros ejemplos más avanzados.

Logo del proyecto GNU

Logo del proyecto GNU

Logo del proyecto R

Logo del proyecto R

Ejercicios

  1. El el directorio, img, que destinamos a guardar las imágenes y las figuras disponemos de un logo del proyecto GNU reducido. Cambia el enlace del texto para que aparezca esta imagen.

  2. Busca con ayuda del navegador una versión reducida del logo de R y enlázala para que el texto resulte más agradable.

Tablas

Se pueden hacer tablas complejas con la sintaxis de markdown pero es más aconsejable, de momento, pensar en que las tablas van a ser elaboradas en herramientas especializadas, hojas de cálculo o desde R.

Ejercicio

  1. Haz una tabla que recoja la tabla de multiplicar del cinco.

  2. Haz una tabla que represente la clásica hoja de almanaque para el mes de noviembre de este año.

Chunks

Podemos escribir código de R y que se ejecute al vuelo, simplemente “enmarcamos” el código, tal como aparece en el siguiente ejemplo y cuando tejamos el documento aparecerá la curva normal o campana de Gauss.

curve( dnorm, -4, 4 )

Cualquier resultado de R puede mostrarse sin más problemas que tener los elementos necesarios para generarlo.

require( knitr )
## Loading required package: knitr
kable( iris[ 1:10, ] )
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
4.6 3.4 1.4 0.3 setosa
5.0 3.4 1.5 0.2 setosa
4.4 2.9 1.4 0.2 setosa
4.9 3.1 1.5 0.1 setosa

El código se puede ocultar para dejar el texto “limpio” gracias a las opciones, muchas, que definen al chunk.

Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
4.6 3.4 1.4 0.3 setosa
5.0 3.4 1.5 0.2 setosa
4.4 2.9 1.4 0.2 setosa
4.9 3.1 1.5 0.1 setosa

También podemos incluir valores en el texto con sólo utilizar un trozo de código que empieza por la letra r, por ejemplo el momento en que se generó la versión para el lector de este documento es 2017-01-17 11:40:15.

Ejercicios

  1. Haz un chunk que calcule la media de un conjunto de cinco valores, tu los eliges, el valor de la media se recoge en el objeto media.

  2. Escribe en el texto una frase, posterior a la aparición del chunk descrito en el ejercicio anterior, que “exprese” el valor de la media calculado en él y que se modifique cuando los valores del chunk cambien.

Referencias

Murrell, P. 2011. R graphics, second edition. Chapman & Hall/CRC Press, Boca Raton, FL.

Xie, Y. 2013. Dynamic documents with R and knitr. Chapman & Hall/CRC.