Última revisión de este documento 2017-02-22

Introducción

Vamos a prepararnos para crear nuestro primer documento con rmarkdown.

Debemos tener en cuenta unas pocas ideas previas:

  1. Utilizaremos fichero de texto plano que podemos editar con cualquier editor de texto.

  2. Para indicar las propiedades de texto, sus características, incluir tablas, gráficos, … utilizaremos un lenguaje de marcas minimalista (markdow).

  3. Tras el procesado de este fichero se genera una salida con el formato deseado (pdf, html, docx, …) o sus características (documentos, presentaciones, páginas web, …)

  4. Las características del documento se indican en una líneas iniciales, metadatos, escritas con lenguaje yaml.

  5. Utilizaremos un entorno de trabajo para simplificar tanto el procedimiento de creación o edición de los textos, de los metadatos y la producción de los documentos.

  6. Los documentos pueden contener: textos, gráficos, líneas de código de R (chunk), referencias bibliográficas, …, otros documentos. Para saber más sobre rmarkdown visite este enlace.

  7. Todo el software es libre.

 

El procedimiento general se recoge en el siguiente esquema.

Para empezar

Para empezar iniciaremos el programa rstudio, y si bien hay alternativas, utilizaremos éste para simplificar el proceso de aprendizaje.

Un documento se crea desde el menú principal:

File New file R Markdown...

 

Aquí tienes un microvídeo con los pasos básicos para crear un texto y generar un documento para el lector, en este caso con formato html.

Si deseas crear tu propio documento repite los pasos pero borra el contenido del ejemplo y escribe tu texto.

En una primera aproximación utilizaremos documentos ya existentes y después hablaremos de cómo preparar documentos “completos”.

Descargaremos el fichero RmarkdownBasico.zip descomprimiéndolo en el directorio o carpeta de nuestra elección; inicialmente puede ser conveniente utilizar el disco umubox, dropbox, … o cualquier directorio en la nube.

El directorio de trabajo contiene el fichero RmarkdownBasico1.Rmd que desde el menú principal cargaremos en Rstudio:

File Open file

o simplemente con la combinación de teclas, o atajo, Ctrl+o.

El material que te has bajado está en un directorio asociado a un proyecto, si abres el fichero RmarkdownBasico1.Rproj verás las ventajas de trabajar considerando esta opción.

Creando un documento con formato…

Para generar el documento en formato html basta con clicar en el icono que incluye un circulo verde con una cruz blanca, o utilizar el atajo Crtl+Mayus+K.

En la figura anterior fíjate en la rueda dentada, desde ella puedes cambiar fácilmente algunas características del documento resultante; por ejemplo, añadir un índice de contenidos (table of contents: abreviadamente TOC) o que los apartados aparezcan numerados.

Edición del documento

Trabajaremos en el panel denominado source, donde aparece el texto con el número de línea que le corresponde.

La edición es semejante a cualquier otro editor, pero puedes plegar un apartado o elemento, para ver mejor el contexto o marcarlo para copiarlo o cambiar su posición en el texto (copy & paste: ^C y ^V, remove: ^X). Clica en la flechita que aparece junto al número de línea y el elemento se pliega. La flecha cambia de dirección, clica sobre ella y desplegarás el contenido.

Más opciones para esta interesante herramienta en

Edit Folding

El la parte superior derecha tenemos el icono que despliega el índice del documento, que se va creando al vuelo y es navegable.

Conociendo markdown y Rmarkdown

Trabajaremos los documentos incluidos en el fichero comprimido en los que se ejemplifican los siguientes contenidos:

  • RmarkdownBasico1.Rmd: Estructura básica de documentos, realzado y caracteres especiales.

  • RmarkdownBasico2.Rmd: Listas, enlaces y fórmulas matemáticas.

  • RmarkdownBasico3.Rmd: Bibliografía, gráficos, tablas y chunks.

  • presentacionBasica.Rmd: Un ejemplo muy sencillo de una presentación.


 


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